Paralelamente al Apertura y Clausura, se disputó la Zona Permanencia, la cual agrupaba a los 8 restantes equipos de la tabla general del Torneo Clasificatorio (que sí arrastraban los puntos que consiguieron en dicho torneo), camisetas de futbol 2023 en el cual descendían los 2 peores equipos de Montevideo y el peor equipo del interior. En el campeonato de 2003, el Club Atlético Peñarol se consagró campeón luego de ganar el Torneo Clausura, y vencer en semifinales a Nacional, campeón del Torneo Apertura, por 1-0 sin necesidad de disputar finales por la ventaja de la tabla acumulada del equipo carbonero.