La temporada 2005/06, comienza con un cambio de presidente en el club. La con la típica guasa habitual, camiseta seleccion alemana los hinchas del Betis acusan al eterno rival de copiar la camiseta de Atlético de Madrid y Athletic Club. En la temporada 2003/04, ya en el grupo II, el equipo acaba en quinta posición y no consigue clasificarse para la fase de ascenso, cosa que sí conseguiría en la temporada 2004/05. Con Fede Castaños en el banquillo, el equipo es eliminado en la primera eliminatoria del play off de ascenso por el Conquense.