En la temporada 2016-17, se vio a un mejor equipo, manteniéndose por debajo de la décima posición, con el buen desempeño finalizó en sexta posición con 45 puntos, a 21 del campeón, el Club Atlético Ituzaingó, Lama ganó 12 veces, y empató y perdió 9. Para destacar, fue en esta temporada en la que el reconocido Atlas consiguió clasificar a la Copa Argentina 2016-17 y disputar el partido de 32avos ante River Plate.